Вот так

/usr/local/directadmin/plugins/awstats/hooks/cgi-bin/awstats_updateall.pl now -awstatsprog=/usr/local/directadmin/plugins/awstats/hooks/cgi-bin/awstats.pl && echo ‘action=tally&value=all’ >> /usr/local/directadmin/data/task.queue
для всех сразу

/usr/local/directadmin/plugins/awstats/hooks/cgi-bin/awstats.pl -update -config=site.ru -configdir=/etc/awstats
для site.ru

З.ы. WebCode рулит 🙂